農(nóng)村飲水安全工程應由各級水務局（水利局）承擔主要管理責任。

水務局是政府的水行政主管部門，主要負責水利工程建設管理，防汛抗旱，水資源管理等，負責統(tǒng)一管理市、縣水資源（包括地表水、地下水、再生水、外調(diào)水）；會同有關部門擬訂水資源中長期和年度供求計劃，并監(jiān)督實施；組織實施水資源論證制度和取水許可制度，發(fā)布水資源公報；指導飲用水水源保護和農(nóng)民安全飲水和水文管理工作。

一些省份的地方行政法規(guī)就明確規(guī)定了縣級人民政府是農(nóng)村飲水安全的責任主體，對農(nóng)村飲水安全保障工作負總責，負責農(nóng)村飲水安全工程的行業(yè)管理和業(yè)務指導。

縣級人民政府是農(nóng)村飲水安全的責任主體，對農(nóng)村飲水安全保障工作負總責。 縣級以上人民政府水行政主管部門是本行政區(qū)域內(nèi)農(nóng)村飲水安全工程的行業(yè)主管部門，負責農(nóng)村飲水安全工程的行業(yè)管理和業(yè)務指導。 鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府應當配合縣級人民政府水行政主管部門做好農(nóng)村飲水安全的相關工作，因此農(nóng)村飲水安全工程一般歸當?shù)厮畡詹块T（水務局）主管。